Windows Future Storage (WinFS - Windows Gelecek Depolama Sistemi) kod adlı yeni Windows dosya sistemi hakkında birçok spekülasyon yapıldı. Microsoft'ta Windows'tan sorumlu başkan yardımcısı olan Brian Valentine bu yeni dosya sisteminin geliştirilmesinin sadece tek bir istemci sistem (Longhorn) ile sınırlı kalmayacak kadar önemli bir gelişme olduğunu belirtiyor. Ayrıca Windows Server 2003 sürümünde de WinFS'in kullanılması için planlar yapıldığını ekliyor.
Bu arada Microsoft Almanya çalışanları, bu dosya sisteminin Longhorn ile entegrasyonun hala tamamlanmış olmadığını düşünüyor gibiler. Kesin olan şeyse, WinFS 'in, geliştirilmekte olan yeniş SQL Server'ın (Yukon) dosya sistemine göre modellendiği. Bu yeni SQL Server'ın dosya sistemi tamamen ilişkisel veritabanına dayalı. NTFS, yukarıda anlattığımız gibi, dosyaları ve klasörleri daha hızlı yaratabilmek için zaten çapraz-dizinleme yöntemine başvuruyordu. Ancak çok daha gelişmiş indeksleme sistemine sahip olmasına rağmen, WinFS, Ana Dosya Tablosunda (Master File Table) NTFS tarzı bir sorgulama yapamıyor.
Biraz ek bilgi vermek gerekirse: Yeni dosya sistemi, dosyaları farklı içerik kriterlerine göre (örn. dosyayı oluşturan, dosya içeriği, dosya isimleri, dosyanın hangi kaynak ortamından geldiği ve dosyayı en son kullanan kişi) depolayacak şekilde tasarlandı. Windows Explorer'da gösterilen klasör yapısı sanal bir haritaya düşürüldü. Dizin yapıları biraz ipucu veriyor ama bilginin tam olarak nereye kaydedildiğini, sistemin dosyaları nasıl düzenlediği veya bu dosyalarla birlikte kaydedilen veri işaretlerinin yapısı hakkında bir şey söylemiyorlar.
Longhorn, bu en son versiyonunda (M4), teknolojinin yakında hayata geçireceği şeyler hakkında küçük ipuçları taşıyor. Bunlardan biri 20 MB'tan büyük ve winfs.exe ismini taşıyor. Bu dosya yeni Depolama Motorunu temsil ediyor. Fakat şu anda mevcut hiçbir sistem dosyasının bir fonksiyonu bulunmuyor veya hata mesajlarından başka bir şey üretmiyor. WinFS sonuçta muhtemelen FAT ve NTFS'in yanında opsiyonel bir dosya sistemi olarak ortaya çıkacaktır. Tabii Win FS'in kendinden öncekilerin yerine geçmesi de mümkün. Ama bu, çoklu işletim sistemleri barındıran bilgisayarlarda problemler doğuracaktır, çünkü bu durumda Windows XP, Longhorn ve Linux'un aynı disk bölmesine erişebilmesi - tabii böyle bir şey mümkün olursa - ancak karışık yöntemler sonucunda mümkün olabilecektir.