Bölme başlangıcında kendine özgü bir atama tablosu içeren FAT'in aksine, NTFS bölmenin orta kısmını - Ana Dosya Tablosu'nu (MTF) - gizli dosyalarla düzenlenmektedir. MFT tüm bölmedeki dosyaları ve metadata adı verilen kısmı bir ilişkisel veritabanı yapısıyla yönetir. Dosyalar üzerindeki bilgiler satırlar halinde, dosya öznitelikleri ise (gizli, şifrelenmiş, sıkıştırılmış dosya, sistem dosyası vb. olup olmadıkları) ile ilgili bilgiler ise sütunlar halinde düzenlenmiştir. Bizzat MFT'nin üzerinde bilgi içeren metadata ise ilk 16 kayıt içinde tutulur, ve MFT toplam 16 KB yer tutar.
Aşağıdaki MFT tablosu ilk birkaç kaydı göstermekte. Bir sonraki MFT kayıtları, verilerin MFT üzerindeki konumu, içerikleri ve kullanılmayan depolama alanı hakkında bilgi içerir. Bu arada 900 byte'a kadar olan dosyalar 1 kayıt içine sığabilir. Daha büyük dosyalar için, MFT depolama alanında nerede bulunacaklarına dair işaretler bulundurur. Ayn şey klasörler için de geçerlidir: Eğer yeteri kadar küçük iseler tamamen MFT içine alınırlar. NTFS daha büyük klasörleri, veri yapıları dış cluster'lara işaret eden B-tree yapısı ile yönetir. B-tree yapısının avantajı, NTFS benzer dosyaları veya isimlerini belli bir indeks içinde düzenlediği için, belirli dosyalar için yapılan aramaların hızlanmasıdır.
Kayıt
İçeriği
Açıklaması
0
MFT Bilgisi
Bütün dosya ve klasörler için temel bilgi kayıtları
1
MFT Bilgisi
İlk kaydın kopyası
2
Protokol dosyası
NTFS'i geri yüklemeye yarar
Sistem hataları durumunda tutarlılık
3
Bölme Bilgisi
İsim gibi çeşitli bilgiler
ve bölme bilgisi
4
Öznitelik açıklamaları
Dosya öznitelikleri
(isimler, numaralar ve tanımlar)
5
Kök dizini
Veri kök dizini
6
Cluster bitmap (Küme Biteşlemi)
Boş cluster görüntüsü
7
Boot sektörü
Diğer şeylerin yanında boot programı kodunu da içerir
