Avantajlara rağmen, Windows 2000 öncesi NTFS, günümüz sistemlerinin tüm ihtiyaçlarını tamamıyla karşılayamıyor. Windows NT ile gelen NTFS sistemi otomatik olarak atanan bölme isimlerini 26 harfe (A'dan Z'ye kadar olan sürücüler) kadar destekliyor. Ayrıca, bir bölmede yapılan değişiklikler her zaman sistemin tekrar başlatılmasını gerektiriyor. Bunun yanında, NTFS bölme bilgilerinin Registry'de saklanması nedeniyle sabit diski başka bir sistemle kullanmaya çalıştığınızda işleri daha karışık hale getirir.
Windows 2000 bu problemleri her bir sürücüye bir harf atanmasını gerektirmeyen Mantıksal Disk Yöneticisi (LDM) ile çözüyor. Bu NTFS sistemi, sabit disk bilgisini bizzat diskin üzerinde saklayarak disk değişiminde ortaya çıkabilecek problemleri önlüyor. Windows XP ile NTFS'te yapılan iyileştirmeler, Windows 2000'e geçiştekine göre daha az. Windows XP'de veri işleme kapasitesi artırıldı ve sabit 512 byte'lık cluster boyutu yerine şimdi değişken cluster boyutları tanımlayabiliyorsunuz. Yönetim fonksiyonları, örneğin klasör indekslemesi veya bellek kullanımı ve veri erişimi ile ilgili sınırlamalar iyileştirildi.
www.sysinternals.com sitesinden bulunabilecek DOS aracı fsutil.exe, Windows XP altında NTFS sistemlerine girmenizi sağlaması yanında size istatistik analizler de sunar.
Microsoft ayrıca fsutil.exe adında, komut satırından çalıştırılan bir programı da eklemiş. Bu güçlü araç birçok dosya sistemi işini gerçekleştirebiliyor. Ana Dosya Tablosu'nda (MFT) değişiklik yapmanıza olanak verdiği için hakkında çok az resmi dokümantasyon bulabileceksiniz. Fsutil.exe ile rasgele denemeler yapmanızı önermiyoruz. Fakat komut satırına fsutil fsinfo komutunu girerek sisteminize zarar vermeden dosya sistemi, ilgili disk bölmesi ve MFT hakkında istatistik bilgilere ulaşabilirsiniz.