Windows 95'ten başlayarak FAT 16'ya V-FAT adında bir veri sistemi eklendi. Bu, uzun dosya isimlerini yazabilen ilk sistemdi. Microsoft 1996'da Windows 95b ile birlikte, bugün hala kullanımda olan FAT32 dosya sistemini çıkardı. FAT32 sistemi, kullanıcıların cluster boyutu sadece 4KB iken 8GB'a kadar bölme oluşturabilmesine olanak tanıyordu. Cluster büyüklüğü 16 KB olduğunda ise 32 GB'a kadar bölmeler oluşturulabiliyor. Bunun yanında FAT32 kök dizininde yer alacak dosya ve klasör adedini de sınırlamıyor.
Bütün dezavantajlarına rağmen FAT16 ve FAT32 hala kaybolmadı. Çok sayıda işletim sisteminin birlikte kullanıldığı PC'lerde bu dosya sistemlerine hala ihtiyaç duyulmakta. Eğer aynı bölmelere Windows XP, Windows 98, Linux ve DOS altından erişmek istiyorsanız, bütün sistemlerde yazılıp okunabilen en küçük ortak paydayı kullanmalısınız - ki bu da FAT16 oluyor.
Tabii bu lüks, XP kullanıcılarına bir bedele maloluyor; FAT32'yle bile, XP altında sadece 32 GB'a kadar bölme formatlanabiliyor. Daha büyük bölmeler ancak diğer sistemler tarafından yaratıldıysa düzenlenebiliyor. Tabii bu büyüklükteki bölmeler sadece özel durumlarda bir anlam taşıyor.
