Bütün okunup-yazılabilen diskler bir dosya sistemine ihtiyaç duyarlar - genellikle FAT (Dosya Atama Tablosu). Bunlar özellikle sabit diskler için geçerli olmasına rağmen ayrıca CD ve disket sürücüler için de geçerlidir. Veri sistemi dosyaların adlandırılması, saklanması ve sağlam bir yönetim sistemi kullanarak verilerin çağrılmasından sorumludur. Sürücülerin bölmelenmesi ve şifrelenmesine yönelik yöntemler arasında farklar olmasına rağmen, Windows dosya sistemlerinin iki ortak noktası bulunmakta: Cluster (küme) kullanım şekilleri ve kontrol edebilecekleri veri miktarı açısından sınırlılar. Cluster, bir sabit diskte mümkün olan en küçük depolama birimidir. Ancak, dosyalar için fiziksel olarak ne kadar byte'lık kullanıma hazır depolama alanı bulunduğunu belirleyen sektörlerdir. Bölümlemeye bağlı olarak her cluster'da bir veya daha çok 512 byte'lık sektör bulunacaktır. 4KB'lik bir depolama alanı normalde 8 sektörden oluşur. Cluster büyüklüğü genelde dosya sistemi ve bölmenin büyüklüğüne göre belirlenir. Sadece Windows XP'de Fsutil gibi programlar aracılığı ile otomatik cluster atamasını ayarlayabilirsiniz. FAT sistemleri için cluster büyüklüğü ne kadar azsa sabit disk kullanımı o kadar iyidir.
İşte size bir örnek: Windows 95 FAT 16 sistemini kullanıyordu. 256 MB'a kadar küçük bölmelerde cluster büyüklüğü 4KB, 2GB'lık büyük bölmelerde ise 32 KB. Her cluster'ı sadece tek bir dosya kullanabildiği için, örneğin 35 KB'lik bir dosya 1 cluster'ı işgal edip ikincisine de taşar ve böylece 1 cluster'da 29 KB kullanılmayan alan kalır. Başka bir deyişle, eğer bir sabit disk her biri 40KB olan 1000 dosya içeriyorsa, 500 MB'lık bir FAT-16 bölmesinde toplam 391 MB yer kaplar. 1.2 GB'lık bölmede ise aynı 1000 dosya 620 MB'tan daha fazla yer kaplar. Daha sonra dosya atama tablosu (FAT), dosyaları cluster'lara ayırır. Tablodaki her giriş bir cluster girişini temsil eder. Tablo dosyanın başlangıcındaki bilgileri, bir sonraki cluster'ın numarasını ve son cluster'ın tanımını içerir. Sistem yedek olarak FAT'in 2 kopyasını yaratır. FAT 16 ve 32 sistemlerinde tablo diskin en dış izinde bulunur. NTFS'te ise tablonun kendisi dosyalar halinde düzenlenmiştir.
