Bedava bir yazılım olan Ad-Aware SE Personal'ı kurun. Bu programı "Computer, USB-Stick-Windows" başlığı altında bulabilirsin. Gerekli güncellemeleri yapın. "defs.ref" ve "ad-aware.exe" isimli dosyaları plugin (eklenti) klasöründeki yerine kopyalayın "C:\Program Files\pebuilder313\plugin\adawarese\files".
Drive-Snapshot
Drive-Snapshot sürücülerin içeriğini kopyalamanıza yarayan ve PE Builder tarafından kurulan bir yazılım. Kurulan sürüm deneme amaçlı kullanılabildiğinden sadece belirli bir süre çalışıyor. Deneme süresi bittikten sonra önceden kaydetmiş olduğunuz sürücü görüntülerini (image) geri yükleyebiliyorsunuz fakat yeni görüntüler kaydetmenize izin vermiyor. Bu aracın kısıtlamalar olmadan çalışması için "snapshot.exe" dosyasının tam sürümünü bulmanız gerekiyor. Bu dosyayı www.drivesnapshot.de/en adresinden indirerek plugin (eklenti) klasörü altında uygun yere kopyalayabilirsiniz "C:\Program Files\pebuilder313\plugin\snapshot".
Firefox
Firefox internet tarayıcısının inceltilmiş sürümü (Açık Kaynak) özellikle PE Builder ve mini-Windows Bart PE için üretilmiş. Bu programı indirmek için "Computer, USB-Stick-Windows" başlığından uygun yere tıklayın. "firefox-2.2.zip" isimli dosyayı plugin (eklenti) klasörünün içinde açın "C:\Program Files\pebuilder313\plugin", gerekli alt klasörlerin kendiliğinden oluştuğunu göreceksiniz.
McAfee Stinger
McAfee'nin Stinger virüs tarayıcısı (ücretsiz) en tehlikeli kurtçukları (worm) ve Truvalıları(Trojan) tespit ederek onlardan kurtulmanızı sağlıyor. "s-t-i-n-g-e-r.exe" isimli dosyayı "C:\Program Files\pebuilder313\plugin\stinger" klasörüne kopyalayın.
Total Commander
Total Commander (Ücretli, $34/28 €) olarak bilinen program, tümleşik dosya yöenticisi, sıkıştırma, FTP ve resim gösterme bileşenleriyle, İsviçre çakısı tipinde bir araç. Bu yazılımı kurun ve bütün dosyaları "C:\Program Files\pebuilder313\plugin\total commander\files" isimli klasöre kopyalayın. Eğer Total Commander'ın kayıtlı kullanıcısıysanız kendi klasörü altında "wincmd.key" isimli bir dosya bulacaksanız. Bu dosyayı da "C:\Program Files\pebuilder313\plugin\total commander\files" klasörüne taşıyın. Daha sonra bir yazım programı kullanarak "...\plugin\total commander" klasöründe bulunan "totalcmd.inf" dosyasını açın ve '\files\wincmd.key=a"[...]' ile başlayan satırın başındaki noktalı virgülü silin (not: tırnakla ayrılan değer içinde iki tırnak işareti kullanıldığından karışıklık olmaması için belirtilen ifadeyi kesme işaretiyle gösterdik).