Ele geçirmek istedikleri dünyaların baskın yaşam formlarını kullanarak dirençlerini kıran ve hedefe kısa yoldan ulaşmayı çok iyi beceren istilacı uzaylı ırkı Combine, ilk oyunda Xen'e yaptığını Half Life 2'de insanoğlu üzerinde denemeye başlamıştır. Xen'de kullandığı güçler gibi kendisine karşı gelen dünyalı askerleri bir dizi biyomühendislik çalışmaları sonucunda köleleştirerek Overwatch gücünü oluşturmuştur.
Dünya üzerinde istilaya karşı gelen tüm şehirler bir bir yok edilmiş, ele geçirilen ve numaralandırılan şehirlere Citadel isimli yapılar kurulmuştur. Citadel'lerde kısırlaştırılmış insan ırkının bilgeliğinden ve zekâsından yararlanan Combine güçleri, en büyük Citadel'i Doğu Avrupa'da yer alan City 17'ye kurmuşlar ve başına da ilk oyunda bütün planlarına sadık kaldığımız ancak canı pahasına bütün dünya medeniyetini feda eden Dr. Breen'i getirmişlerdir. Combine'a karşı oluşturulan Civil Protection güçleri ise sayıca az ve Xen'den kaçan özgür uzaylılarla kurulan ittifak dışında teknolojik olarak dezavantajlı konumdadır. Tabi ki arkalarındaki en büyük güç Dr. Gordon Freeman'dır. Yani biz... Eli, Dr. Kleiner, güzeller güzeli Alyx ve uslu köpeciği (!) Dog ile atıldığımız bu devam macerası; ilk oyunun sonunda Xen'i özgürlüğe kavuşturup G-Man ile yaptığımız o özel anlaşmanın derinliklerine doğru uzanan bir anafor edasıyla içine almıştır artık bizi.
Citadel'in tepesinde Dark Energy Reactor'u patlatıp Dr. Breen'in kaçmasına engel oluşumuza kadar süren bu ikinci macera, aslında Citadel'de yarattığımız durumun şehir kurtarmak yerine daha da büyük bir kaosa sürüklediğimizi anlamamızla ilk devam bölümüne sıçramıştı. Saygı değer bilim adamı Eli Vence'in kızı Alyx'in yoldaşlığıyla güç bela üstesinden gelebildiğimiz bu ufak (!) sorun bizi Combine'dan bir kopyasını çaldığımız çok önemli veri paketiyle beraber City 17'den kaçmaya itmesi ise kabul edilebilir bir gerekçeydi. Öyle ki, Combine bu çok önemli veri paketini uzaya gönderebilmek için Citadel'i çoktan feda etmiştir bile...
Tabi City 17'den kaçışımız pek de rahat olmayacaktır. Özellikle de trenle...
