Oyun yakın gelecekte geçiyor. Tom Clancy oyuna temelde Rusları ve Çinlileri dahil etmeye karar vermiş, kitaplarında da bu temaya çok rastlanır zaten. Her görev televizyon haberlerinde bahsedilen bir olay ile tetikleniyor. Yarım saat süren bir eğitim görevi ile Sam Fisher'ı nasıl yöneteceğinizi ve alet edevatı nasıl kullanacağınızı öğreniyorsunuz. Etrafta gezinme, duvarlara yapışarak ilerleme, gölgelerde saklanma, sessizce emekleme, borulardan tırmanma gibi işler başarıyorsunuz. Maymucuk ile kapı açmayı, bir koridoru karanlık hale getirmek için ampulleri patlata patlata ilerlemeyi, CCTV kameraları bozmayı, nöbetçileri sessizce öldürüp vücutlarını ortadan kaldırmayı, veya işkence ederek giriş kodunu ondan öğrenmeyi veya gözlerini oyup retina tarama sistemini geçmek için kullanmayı öğreniyorsunuz. Görevler adım adım kolaydan zora doğru ilerliyor.
